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On distingue les grandes îles de la Sonde (Sumatra, Java, Bali, Bornéo) des petites, situées à l'est de Bali, de Lombok à Timor.

La ligne de Huxley, séparant Bali et Lombok, marque une différenciation progressive du milieu naturel entre l'Asie tropicale (Sunda) et la zone de Sahul (Australie et Nouvelle-Guinée). Il s'agit d'une région à fort volcanisme, avec plus de cent volcans actifs.

Ces îles reposent sur la plate-forme de la Sonde qui, avant la remontée des eaux causée par la fonte des glaces il y a entre environ 18 000 et 8 000 ans, communiquait avec le continent asiatique.

Les îles de la Sonde abritent de grands animaux asiatiques, comme l'éléphant, le rhinocéros, le tigre et la panthère.